Stále se rozšiřující aplikace SPM přístrojů přinesly možnost zobrazovat bez větších problémů vzorky přímo v kapalných prostředích. Otevřela se tak možnost minimalizovat povrchové síly na velmi jemných vzorcích, sledovat biologické preparáty v podmínkách korespondujících jejich přirozeným prostředím, provádět pozorování v reálném čase a sledovat vývoj povrchových procesů na buňkách a jiných tkáňových kulturách. V neposlední řadě se vytvořily podmínky pro sledování vzorků pod vlivem elektrochemických reakcí. Jednou z odlišností oproti analýzám AFM na suchých vzorcích, je eliminace přitažlivých sil vlivem povrchového napětí. To umožňuje zobrazit povrch vzorku s minimální silou mezi hrotem a povrchem a vyhnout se tak poškození povrchu biologického preparátu. Režimy AFM používané v aplikaci pro kapalné vzorky jsou prakticky totožné s klasickými analýzami AFM. Ve větší míře se však využívá poklepový režim. V článku budou představeny aplikace převzaté z jiných laboratoří a aplikace, na kterých laboratoř AFM přírodovědecké fakulty UP průběžně pracuje, a to: redukce dentinové hypersensitivity a permeability a analýza povrchu kontaktních čoček.