Závislost proudu Pro malá napětí (<1 V) je závislost I–V téměř lineární, pro větší začíná být exponenciální. Zároveň je silná exponenciální závislost na vzdálenosti, pro vzdálenosti nad přibližně 0,7 nm neteče téměř žádný proud, z čehož plyne, že pro pevnou vzdálenost lze při spektroskopii obdržet jen omezený dynamický rozsah (zesilovač je lineární zařízení). Chceme-li zvýšit rozsah, musíme vzdálenost měnit, v praxi především se využívá zádržná technika a skoková změna z polohy; musí se pamatovat na nějaké proudové omezení při velkém přiblížení. Alternativou je měření při aktivní zpětné vazbě, udržuje se konstantní proud, čímž se vzdálenost sama nastavuje, měří se s–V křivka pro I konstantní, dosáhne se dobrého dynamického rozsahu, ale vzhledem k možnému kontaktu se nedá jít pod asi 0,1 V, a už vůbec nelze vyšetřovat záporná napětí.
Měření se může rovněž provádět se spojitě proměnnou vzdáleností, což je vhodné především pro polovodiče, kde se může vodivost měnit v mnoha řádech. Při malých napětích se nízký proud zesiluje přiblížením k povrchu (narozdíl od stupňovité změny nejsou problémy s navázáním), ale je nutno provádět normalizaci vodivosti, a to buď vydělením stejnosměrnou vodivostí (tedy použitím logaritmické derivace) nebo násobením členem e2κΔz (je zapotřebí pouze určit parametr κ). Je-li proměnná vzdálenost, nelze vodivost určovat ze změřených dat I[s(V),V] numerickou derivací, protože ta dává celkovou derivaci (započítá i vliv vzdálenosti), ale musí se použít modulační technika. Další otázkou je volba závislosti s(V), zpravidla se používá Δs(V)=-a∣V∣. Metody, při nichž je funkce s(V) pevně dána však nejsou vhodné, měří-li se vzorek se značnými změnami hodnot proudu (např. pn přechod).
Rezonance Převýší-li energie eV výstupní práci, přechází se z tunelování do emisního režimu a mohou nastat rezonanční jevy v elektronové propustnosti, plynoucí z kvantové interference. Rezonance se projeví jako ohyby na I–V charakteristice nebo schody v s–V. Poloha a intenzita rezonancí je citlivá na detaily potenciálové bariéry.
Hrot Poněkud paradoxní se zdá otázka volby hrotu pro STS. Uvědomíme-li si velikost tunelovací oblasti, musíme vzít do úvahy kvantové relace neurčitosti, které nám „rozmazávají“ velikosti povrchových vlnových vektorů a tím i energií. Ve spektroskopii tedy pro dobré rozlišení potřebujeme relativně tupý hrot. Obvykle bývá dosahováno rozlišení 0,001 nm vertikálně, na laterálním se projevuje symetrie hrotu (počet mikrohrotů, přeskok tunelování z jednoho na druhý, nesymetrie tvarová způsobí protažení obrazu). Z hlediska interpretace je důležitý požadavek, aby hustota stavů hrotu neměla výrazné rysy. Tuto podmínku lze splnit s relativně tupým hrotem, který má vysoký stupeň neuspořádanosti, protože se dá očekávat, že případné rysy jednoho atomu se v celku „rozmáznou“ do šířky.
Informační hodnota Spektroskopické metody jsou schopny poskytnout nejen informace o obsazených a prázdných stavech, ale i velikosti zakázaných pásů, povrchových ohybech pásů, chemické vazbě či adsorpci.