Většinou se nepodaří umístit vzorek tak, aby byl jeho (střední) povrch umístěn rovnoběžně se směrem skenování. V takovém případě je do obrazu promítnut sklon vzorku, který může být velmi velký v porovnání se studovanými rysy na povrchu. To znamená, že detaily povrchu nebudou v obraze téměř vidět. Dalším jevem, který zhoršuje viditelnost detailů je drift, který způsobuje pozvolné ujíždění z–polohy hrotu. Hrot se v průběhu skenování dostává stále dál od vzorku a jeho vzdalování přibližně sleduje rovinu proloženou levým horním a pravým dolním rohem. Tím se opět zvyšuje rozsah, který je nutno zobrazit, a děje se tak na úkor detailů povrchu. Z uvedených důvodů zvyšujeme viditelnost obrazu prokládáním pozadí.
Na prvním obrázku vidíme nijak neupravovaný vzorek obsahující částice. Ačkoliv jsou částice dobře viditelné, je vidět rovněž sklon – levý dolní roh je tmavý, pravý horní světlý. Je zřejmé, že tím přicházíme o část zobrazovací palety, kterou bychom mohli využít ke zvýšení kontrastu. Pokusíme se jej proto odstranit. Prvním, nejnázornějším způsobem odstranění je proložení roviny. Výsledek takové operace je vidět na druhém obrázku. Můžeme konstatovat, že sklon byl účinně odstraněn a kontrast obrazu se zvýšil. Algoritmus, který odstranění provedl, spočívá v metodě nejmenších čtverců a používá aproximující funkci ve tvaru z(x,y)=αx+βy+z0. Ne vždy ovšem prokládání musí dopadnout tak dobře. Zkusme si představit vzorek, který má dvě vodorovné plochy s výškovým rozdílem. Pokusíme-li se zde proložit rovinu, mohou být výsledkem „šikmé“ plochy.
Uvedený proklad není jediným možným, lze provádět také prokládání ploch vyššího stupně. Zdá-li se, že vyšší stupně nemají žádného opodstatnění, musíme si uvědomit způsob realizace skeneru. Pro malé rozměry se realizuje trubičkou, která se ohýbá a jejíž hrot tedy opisuje spíše povrch sféry než rovinu. U vzorků se zakřivenou topografií pak mohou lépe vyhovovat vyšší stupně prokládání.
Jiným způsobem může být prokládání po jednotlivých řádcích, které má také své jednoduché opodstatnění. Při skenování totiž jsou jednotlivé řádky víceméně nezávislé a může u nich docházet k výškovým nesrovnalostem. To se pak projevuje proužkováním v obraze (proužky také vznikají z nečistot). Jeden proužek je patrný kupříkladu těsně pod svisle orientovanou částicí.
Proložíme-li každým řádkem přímku y=y0+γx, kde y0 a γ jsou obecně různé pro jednotlivé řádky, dostaneme třetí obrázek. Na něm částice vystupují mnohem zřetelněji a také proužkování zmizelo (uvedený obrázek je relativně kvalitní, u horších je rozdíl mezi proložením roviny a přímky větší). Následkem proložení se však objevil artefakt – tmavé prohlubně ve vodorovném směru. Že se jedná o artefakt se lze jednoduše přesvědčit proložením přímek v jednotlivých sloupcích – výsledek je na pravém obrázku, artefakty jsou také, pouze ve svislém směru.
Samozřejmě zcela analogicky jako při prokládání roviny i zde můžeme prokládat křivky vyššího stupně, v závislosti na předpokládaném charakteru pozadí.
Ukázalo se, že proložení jednotlivých řádků dává kvalitní výsledky, ale přidává artefakty. Ty však můžeme odstranit. Uvedenými metodami se totiž snažíme odstranit pouze pozadí projevující se v celém obraze, nikoliv měnit tvar částic. Nabízí se tedy možnost provést prokládání s tím, že některé oblasti obrazu vyloučíme. Provedeme-li v obraze řádkové proložení vyjma dvou obdélníkových oblastí kolem částic (vyznačeny červeně), dostaneme výsledek na čtvrtém obrázku. Porovnáním s předchozím vidíme stejnou kvalitu obrazu, ale bez artefaktů.