Některé vlastnosti skenovacích metod

rozlišení nezávislé na vlnové délce λ objektu zprostředkovávajícího interakci (foton, elektron), ale závisí na velikosti sondy a konkrétním vzorku
reakce na fyzikální veličinu, která prudce závisí na vzdálenosti mezi sondou a vzorkem (atomární síly, přenos evanescentních vln), síla interakce zpravidla exponenciálně či mocninně klesá se vzdálenosti
trojrozměrný obraz v přímém prostoru
skutečně lokální interakce
velký rozptyl použitelných prostředí (vzduch, plyny, roztoky, magnetická pole)
mnohdy není zapotřebí speciálních úprav povrchu vzorku, ale někdy je náročné vzorek upevnit nebo se k němu se sondou přiblížit
možnost detekce různých vlastností povrchu (elastické, magnetické, třecí, vodivostní, rozložení povrchových nábojů)
citlivost zpravidla jen na několik povrchových vrstev vzorku
obtížná interpretace výsledků, nejčastěji porovnáním s výsledky dle předem navrženého modelu a jeho případná korekce
velké množství artefaktů (zobrazení hrotu, zdvojení obrazu)
není citlivá na chemickou podstatu vzorku
výsledný obraz musí být sestavován počítačem, je sbírán postupně