Mezi aplikacemi, ke kterým byla použita technika STM, nelze neuvést strukturu rekonstruovaného povrchu Si(111)7×7, protože to byl první povrch, na němž byla metoda aplikována a kde přispěla k vyřešeni dlouhodobého teoretického problému. Už dlouho bylo známo, že rekonstrukce je typu 7×7, ale nebyla známá detailní struktura. Bylo navrženo několik teoretických modelů, ale nebylo možno mezi nimi rozhodnout pomocí nelokálních metod.
Na obrázku vlevo je ukázán snímek z STM mikroskopu, vpravo je pak odvozená struktura (Takayanagiho model).
| Atomy vysoce orientovaného pyrolitického grafitu, 3D znázornění. |
| Molekuly cyklopentenu na povrchu stříbra. Jednotlivé molekuly se koncentrují podél čar, které se shodují s polohou schodů na stříbrném povrchu. |
| Molekuly C60 na povrchu Au(110)1×2. Orientace vrchní molekuly umožňuje rozpoznat hexagonální kruh. Dole je uveden profil podél červeně vyznačeného řezu. |