V bezkontaktním módu platí pro nastavování vzorku a mikroskopu totéž co v kontaktním. Před začátkem měření je nutno zapnout kmitání nosníku a zvolit vhodnou měřicí frekvenci. Proto je nutno proměřit frekvenční spektrum nosníku a vyhledat první rezonanci nosníku (měl by to být nejvyšší pík), kolem které se bude spektrum dále prohledávat a v několika krocích se bude zmenšovat interval frekvencí, až budeme schopni přesně určit polohu maxima. Měřicí frekvence se nastaví okolo vrcholu křivky směrem k vyšším frekvencím a sleduje se velikost amplitudy kmitů na osciloskopu. Je-li příliš malá, musí se zvýšit řídící amplituda nebo vstupní zisk. Stabilitu nastavení je vhodné otestovat dalším proměřením spektra, je vhodné ji testovat po každém vyzdvižení hrotu (během měření se může hrot znečistit a změní svou rezonanční frekvenci, což zmenší účinnost detekce).
Narozdíl od kontaktního módu zde se nenastavuje absolutní hodnota setpointu, ale jen relativní, udávající poměr tlumené amplitudy ve zpětné vazbě k amplitudě volných kmitů. Standardní hodnotou je 50 %, která většinou postačuje. Není-li při ní možno vůbec měřit nebo je-li obraz nevýrazný, je možno ji snížit (např. na 35 %), ale za cenu větší interakce se vzorkem.
Další postup je obdobný kontaktnímu režimu, nastaví se parametry měření, provede se ruční přiblížení hrotu a pak počítačem řízené. Po dosažení vazby (nesmí se testovat odezva systému, jednak hrot není v kontaktu se vzorkem, jednak nekontaktní hroty bývají křehčí a došlo by k ulomení) se spustí řádkové skenování, doladí se parametry vazby a začne se s vlastním měřením.
Poznámka: Bezkontaktní mód nemusí pracovat jen s detekcí amplitudy, ale může také registrovat změnu fázového posuvu mezi budicím signálem a kmitáním nosníku. Tento signál podává obecně jinou informaci než amplitudová detekce (dochází-li při interakci k disipaci energie).
Poklepový režim se realizuje volbou měřicí frekvence na opačné straně píku než v bezkontaktním měření, jinak je postup shodný s bezdotykovým měřením.